Το χειμώνα 2002-2003 ο παλιός ενοριακός ναός του Στεφανίου, κτίσμα του 14^ου αιώνα με αξιόλογες τοιχογραφίες του 1694, υπέστη σοβαρό πλήγμα από την κατάρρευση της δυτικής προσθήκης με αποτέλεσμα να κινδυνεύει να σωριαστεί και το υπόλοιπα κτίσμα. Εξαιτίας της απαίτησης κάποιων χωριανών για διαπλάτυνση του δρόμου που συνορευει με το κτίσμα προκειμένου να διευκολυνθεί η πρόσβαση στα σπίτια τους, η ανακατασκευή είχε παγώσει αναμένοντας την ειδική άδεια από το Υπουργείου Πολιτισμού.

Ο Πολιτιστικός Σύλλογος μετά την επαναδραστηριοποίηση του τον Απρίλιο του 2004 ήρθε αμέσως σε επαφή με την αρμόδια τότε 6^η ΕΒΑ και μετά από χρονοβόρες γραφειοκρατικές διαδικασίες και μακροχρόνιες συντονισμένες πιέσεις, ο ναός έλαβε τον Οκτώβριο του 2005 από την Δ/νση Αναστύλωσης του Υπουργείου Πολιτισμού, το πράσινο φως για την ανακατασκευή της προσθήκης. Ωστόσο δεν υπήρχε σχετική χρηματοδότηση από το κράτος  οπότε και έπρεπε να βρεθούν πρώτα οι οικονομικοί πόροι από τον Πολιτιστικό Σύλλογο και την Εκκλησιαστική Επιτροπή. Τελικά οι εργασίες αναστήλωσης ξεκίνησαν τον Ιούνιο του 2006.

Η επιλογή του μάστορα και χτίστη που ανέλαβε την ανακατασκευή της γκρεμισμένης προσθήκης αφέθη στην τότε Εκκλησιαστική Επιτροπή, απεδείχθη όμως γρήγορα άστοχη αφού η δουλειά έγινε πρόχειρα και άτεχνα με κανένα σεβασμό στο ιστορικό αυτό μνημείο. Αφού αποφεύχθηκαν ευτράπελες απαιτήσεις για δίφυλλες πόρτες και τουαλέτες, ο Πολιτιστικός Σύλλογος ανέλαβε την εποπτεία των έργων και προσέλαβε την αθηναϊκή εταιρία ΒΟΥΡΔΕΡΗΣ, Α., – Γ. ΤΖΑΝΕΤΟΣ Α.Τ.Ε. για την απομάκρυνση του παλιού αρμού με αμμοβολή και την νέα αρμοκάλυψη που απαιτούσε εξειδικευμένες γνώσεις και τεχνικές.

Ταυτόχρονα προσέλαβε τον Στεφανιώτη χτίστη Γιώργο Π. Πούλο «Μπρίλιας» και τους συνεργάτες του Βλαδίμηρο Τσολάκο και Χότζα Σαϊμίρ, οι οποίοι ανέλαβαν τη στεγανοποίηση της στέγης με ασφαλτόπανα καθώς και την τοποθέτηση των παλιών κεραμιδιών. Τους ανατέθηκε επίσης η ανακατασκευή της ξερολιθιάς στη βόρεια πλευρά του ναού μετά από παραχώρηση τμήματος οικοπέδου Παπαντωνίου Γ. Χρήστος «Χανιάς» για τη δημιουργία αποστραγγιστικού αλλά και η λιθόστρωση του αύλειου χώρου του ναού σε σχέδιο που επιμελήθηκε αφιλοκερδώς ο τότε φοιτητής αρχιτεκτονικής Αθανάσιος Γ. Μιχαλούρος. Για τη λιθόστρωση χρησιμοποιήθηκε αποκλειστικά ντόπια πέτρα την οποία κουβάλησαν από τη Ψηλή Ράχη. Επίσης έγινε αρμοκάλυψη της ξερολιθιάς που κρατάει το πλάτωμα του ναού και της μνημειώδης πέτρινης σκάλας που οδηγεί σε αυτό.

Η κατασκευή των ξύλινων θηρών ανατέθηκε στον «Μαραγκό» Μιχάλη Αθ. Μιχαλούρο μετά από υποδείξεις του προέδρου του Συλλόγου Αντώνη Ι. Παπαντωνίου.

Το Δεκαπενταύγουστο του 2007 ο ναός ξαναλειτούργησε για πρώτη φορά μετά από πολλά χρόνια ως ενιαίο χώρο.